拉肚子肛门疼一般是由于拉肚子时间久，肛门周围的粘膜水肿、充血造成的疼痛。如果拉肚子肛门疼痛伴随出血有可能是拉肚子造成了痔疮，可以用痔疮膏或者是痔疮栓治疗。如果疼痛严重也不排除是由于肛周囊肿或者是直肠炎症造成的，可以做大便常规和肠镜检查，确诊后再做对症的治疗。拉肚子能吃蒙脱石散止泻，同时加上肠炎灵消炎治疗。如果相关检查都没有发现病变，可能是由于肠易激综合征，可以补充乳酸菌素，调理肠道菌群，同时注意饮食清淡。