肛瘘手术可以根治，术前可以经过碘油造影或磁共振检查，显示瘘管病变走向以及和周围组织的相互关系，协助了解内口的位置。肛瘘手术的关键在于正确寻找内口，将内口也就是感染源清除，达到彻底根治的效果，术中应该操作小心，尽量减少肛门括约肌的损伤，避免表现出肛门失禁。根据肛瘘瘘管位置的高低不同，选择不同的手术方式，如果瘘管位置比较低，可以行肛瘘切除术，切开瘘管，并将瘘管壁全部切除至健康组织。如果肛瘘瘘管位置比较高，可以切开挂线治疗，利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘。