长时间吃莲子没有什么副作用。莲子既是一种食物也是一种药物，莲子性味平和，主要有健脾养心补肾的作用，用于改善脾虚造成腹泻、心肾不交造成的失眠、遗精等。莲子通常是指莲子肉，是去莲子心的，是可以长时间食用的，没有什么副作用。但是莲子心是不能长时间食用的，莲子心性味苦寒，具有清心泻火的作用，如果长时间服用可能会伤脾胃。