子宫内膜异位症的发生的病因现阶段尚不清楚，主要有以下三种学说：种植学说；体腔上皮化生学说；诱导学说。此外子宫内膜异位症还和下列因素有关：1*遗传因素；2*免疫和炎症因素；3*其他的因素：国内学者提出“在位内膜决定论”，认为在位子宫内膜的生物学特性是子宫内膜异位症发生的决定因素，局部微环境是影响因素。子宫内膜异位症病人在位子宫内膜的特性如黏附性、侵袭性、刺激形成血管的能力均强于非内异症病人在位子宫内膜。环境因素也和内异症之间存在着潜在的联系，血管生成因素也可能参和子宫内膜异位症的发生。