如果肛瘘不治疗，有可能会产生下列危害：一，会造成疼痛，如果瘘管引流不通畅，外口闭合，脓液积聚，会表现出局部胀痛或跳痛，如果内口比较大，粪便进入瘘管会造成疼痛加重，严重影响病人的生活质量。二，分泌物反复刺激肛周的皮肤，容易造成肛门湿疹，长时间不愈合会造成皮肤增厚，呈苔藓样变。三，如果病人得了高位复杂性的肛瘘，因慢性炎症刺激造成肛管直肠环纤维化或瘘管围绕肛管形成半环状纤维条索，影响肛门括约肌收缩，因此会表现出排大便不通畅的症状。如果肛瘘瘘管反复的增生，少数的病人还有可能表现出恶变。