进行相应的药物治疗急性结膜炎在治疗时首先要根据症状和体格检查来大致判断发生急性结膜炎的原因，然后来进行相应的药物治疗。如果为细菌或病毒感染导致的急性感染性结膜炎，就得要将病人进行隔离。由于这一类的感染性结膜炎具有较强的传染性，因此要在平时注意个人卫生，防止和他人接触，避免导致流行性传播。然后应用相应的药物来治疗，细菌感染导致的结膜炎，应用抗生素类的滴眼液，比如左氧氟沙星滴眼液，妥布霉素滴眼液，而病毒感染导致的就得要应用抗病毒的药物，比如阿昔洛韦滴眼液，更昔洛韦眼用凝胶等等。