肛门镜检一般不会造成疼痛，但会有下腹部及肛门处胀胀的感觉病人可以耐受。镜检时会在肛门镜外壁涂抹石蜡油起到润滑的作用，方便镜子进入肛门。但如果肛门有病变，如肛裂、肛周脓肿、外痔及内痔炎症感染时，肛门镜检会因肛门镜摩擦病灶而表现出疼痛不适。尤其是肛裂病人疼痛剧烈，原则上该类病人不予肛门镜检。肛门括约肌痉挛或情绪焦虑紧张造成括约肌过度收缩者，强行行肛门镜检也会造成疼痛不适。并且因每个人对疼痛的耐受力不一样、痛阈值不同，对于痛觉过敏的病人行肛门镜检也会造成疼痛感。所以肛门镜检是否会造成疼痛，和病人的痛阈、病情及肛门括约肌的紧张程度有关，但大多数病人可忍受。