没有临床证据表明藿香正气水可以治疗灰指甲。灰指甲也就是临床所说的甲癣，它是由真菌感染导致的，主要包括红色毛癣菌、铁锈色小孢子菌、念珠菌等，临床治疗以抗真菌药物为主。对于轻度的灰指甲，可以选择外用抗真菌药物，多见的包括萘替芬酮康唑乳膏、硝酸咪康唑乳膏、盐酸阿莫罗芬乳膏等。重度的灰指甲可选择口服抗真菌药物，多见的包括盐酸特比萘芬片、伊曲康唑胶囊等，必要时可以选择拔甲。