功能性胃肠病不是一种单一疾病，而是一种生物心理社会因素共同作用的疾病。功能性胃肠病的病因尚不明确，可能是多因素综合作用的结果，包括幽门螺杆菌感染、精神和应激情况、遗传因素、免疫因素、消化道运动功能异常、胃酸分泌功能异常及内脏感觉过敏。功能性胃肠病并无特征性临床表现，病程迁延症状多反复发作，可以为某一症状可以某一症状为主，也可有多个症状的重叠，但现阶段尚未发现某一症状和某一病理生理改变有特定的关联。治疗上并无特定的对某位对每位病人均有效的方法。