阴茎根部疼痛，对于男性来说，可以见于过度手淫或者性生活造成的相应部位劳损，就会表现出一过性的排尿疼痛，以及勃起和射精痛，只要降低性生活频率，多休息一段时间就可以缓解。如果有泌尿系的感染，累及到阴茎，例如尿道炎也会表现出阴茎疼痛的感觉，查尿常规和尿细菌培养来证实。此外，阴茎海绵体硬结症，这是一种自身免疫性的疾病，表现为海绵体进行性纤维化变硬，可以表现为阴茎根部表现出疼痛，触及质地硬的结节。