甲胎蛋白是原发性肝癌的一个特异性的肿瘤标志物，80%以上的原发性肝癌患者甲胎蛋白都偏高，甲胎蛋白在原发性肝癌的诊断中具有一定的价值。虽然甲胎蛋白在一些生殖细胞肿瘤如精原细胞瘤中也可以偏高，但是甲胎蛋白不作为生殖细胞瘤的诊断指标。在原发性肝癌中，甲胎蛋白大于400微克/升，持续四周或者大于100微克/升，持续八周，再结合CT或核磁共振等影像学检查的结果，就可以确诊原发性肝癌了。