女性上厕所的时候尿道内刺痛则可能的原因：第一、泌尿道急性感染。如急性尿道炎，急性膀胱炎，肾盂肾炎都可能表现出排尿时尿道内刺痛感。同时都伴随尿频尿急或者伴随小腹部坠胀、疼痛、腰痛等不适。严重的病人甚至还可能伴随尿道口出血或者肉眼血尿需要到医院进行检查，留取尿液做尿常规和尿培养检查，进一步确诊。第二、如果存在有膀胱、尿道结石则可以表现出小便时尿道内刺痛，还可伴随排尿的异常，如排尿频次增多、排尿分叉、排尿费力或者尿道内异物感。若是膀胱结石，结石梗阻于尿道内口还可以表现出突然排尿中断的现象。需要进行泌尿系统B超检查排除有无泌尿系统的结石存在。