吃辣椒后肛门疼痛一般是患有了肛裂，因为吃辣椒后，辣椒内的辣椒碱会随着粪便排出，含有辣椒碱的粪便，在经过肛门口处肛裂的裂口时，会刺激裂口造成疼痛。因此患了肛裂的人尽量不要吃辣椒等辛辣、刺激性食物，也不要喝酒。因为这些辛辣刺激性的饮食，会刺激直肠下端粘膜内的血管扩张、淤血，大量吸收粪便内的水分，造成大便干结质硬，因此表现出排便困难等便秘的症状。而便秘会加重肛裂的症状，因此最好是不要吃辣椒。