滴虫性阴道炎的正常治疗周期为7天左右。对于滴虫检查阳性的病人，无论有无临床症状均需要对症治疗，同时应当对其性伴侣进行治疗。由于滴虫正常感染尿道和周围性腺，临床治疗主要以系统性给药为主。临床首选甲硝唑治疗，由于可能存在着双硫仑反应，治疗期间及治疗后48小时之内应防止饮酒。有临床研究认为使用甲硝唑治疗滴虫性性阴道炎效果欠佳时，可以选择改用替硝唑。