早上起来眼睛肿，可能的原因有:一、过敏性结膜炎或睑皮炎，表现为接触到可疑过敏源如尘螨、毛绒、花粉等。眼睛红肿痒明显、睑皮红肿，结膜充血，乳头增生等，应避开过敏源，点用抗过敏的眼药水。二、眼睛红肿伴水样或黄色分泌物增多，可能为急性感染性结膜炎，即红眼病，治疗上应用抗生素或者抗病毒药物点眼治疗，防止传染。三、部分病人除了晨起上眼皮肿胀，无其他眼部症状，需要到内科进一步排查是否有相关疾病。