除耐药革兰阴性杆菌和真菌导致的的心内膜炎者外，大部分病人可获细菌学治愈。本病近期和远期病死率仍较高，治愈后的5年存活率仅60％到70％，10％在治疗后数月或数年内再次发病。未治疗的急性病人几乎均在4周内死亡。亚急性者的自然史一般大于等于6个月。预后不良因素中以心力衰竭最为严重，其它包括主动脉瓣损害、肾衰竭、革兰阴性杆菌或真菌致病、瓣环或心肌脓肿，老年等死亡原因为心力衰竭、肾衰竭、栓塞、细菌性动脉瘤破裂和严重感染。