肠胃宁胶囊有副作用，但临床不多见，从药物成分来看，药物成分中的延胡索有造成心脏、肾脏毒性的风险。补骨脂也有过敏和肝肾损伤的风险。所以过敏体质的要慎重使用。要按照用法用量服用，不要过量服用，长时间服用最好在医生指导下，并定期进行肝肾功能的监测。由于肠胃宁胶囊属于中成药，所以使用时最好辨证应用，肠胃宁胶囊适用于脾肾阳虚造成的慢性结肠炎、溃疡性结肠炎、肠功能紊乱的治疗。儿童要禁止使用。用药期间要忌食生冷寒凉的、刺激性的以及酸性的食物。