治疗直肠炎，可以进行有效的药物治疗，可以在炎症明显时短期应用抗菌素。可以服用第3代头孢类抗菌素或者是治肠道厌氧菌的抗菌素。可以配合口服丽珠得乐，得舒特等药物，进行肠道功能的调节。还可以对直肠粘膜水肿的病人，用生理盐水进行灌洗。直肠粘膜糜烂者，可以涂10%的硝酸银溶液进行治疗，也可以使用美沙拉嗪栓，可以有效的缓解肛门疼痛。肛门局部用药，用美拉沙秦效果明显，如果有黏膜组织水肿，也可以用高锰酸钾溶液进行关系。慢性直肠炎平时要注意饮食，防止烟酒刺激。