若是先天性的尿道口囊肿，主要是由于尿道旁腺管异常发育所造成。后天性的尿道口肿囊主要和感染因素有关，因为尿道旁腺和尿道外口相近，尿道外口容易表现出一些分泌物，如果不及时进行清理，就会表现出感染，使腺管管腔堵塞，因此造成尿道口囊肿，常表现出于不注意生理卫生的群体当中。尿道口囊肿在初期，正常不会造成其他临床症状，也不会影响到病人的排尿。如果囊肿体积逐渐增大，可能会压迫尿道，造成部分尿道堵塞，因此造成排尿困难，感染和出血。