子宫内膜异位症造成的痛经具有继发性痛经的特点，并伴随着月经，随着局部病变的进展而逐渐的加重，但并非所有病人都有如此典型的症状。典型的痛经一般于月经开始前1~2天表现出，月经的第一天最明显，以后逐渐减轻并维持整个月经期，疼痛部位大部分位于下腹的深部或者是腰骶部，并可向会阴、肛门、大腿内侧放射，部分病人伴随直肠刺激的症状，表现为大便的次数增加、稀便，疼痛的程度和病灶的大小不一定会成正比，也有腹痛的时间和月经不同步者，少数病人长时间下腹痛形成慢性的盆腔痛，至月经期加剧。