一般肛瘘多无明显的伴发症状，有时合并脓液潴留时可有寒战、发热等表现。瘘管引流不通畅，脓液积聚会造成局部胀痛或者跳痛。若是复杂性肛瘘，由于慢性炎症刺激造成肛管直肠环纤维化，瘘管围绕肛管形成半环状纤维条索，影响肛门括约肌收缩，会表现出排大便不通畅的临床症状。复杂性肛瘘病人反复发作，长时间流脓、流血，可表现出身体消瘦、精神萎靡。由于分泌物的刺激，肛门部潮湿、瘙痒，有时会形成湿疹，当外口愈合，瘘管中有脓肿形成时，可使疼痛加重，脓肿穿破或者切开引流后症状缓解。