慢性结肠炎的治疗方式主要有药物治疗、手术治疗等，致病菌感染是造成慢性结肠炎的多见病因。对于此类病人，可以经过细菌培养分析确诊具体致病菌类型，再选用抗生素进行抗感染治疗，多见的药物类型有复方诺氟沙星、头孢克洛、青霉素钠等。对于慢性结肠炎造成的腹部疼痛，可以选用镇痛、解痉类药物进行缓解治疗，如对乙酰氨基酚、布洛芬、硫酸阿托品等。部分慢性结肠炎病人由于肠道组织表现出功能性障碍，会造成病人表现出营养不良、持续贫血等表现。对于此类不良症状，可以服用营养类药物进行改善，如复合维生素片、葡萄糖酸钙口服液、乳酸亚铁口服液等。对于急重症病人，需要结合病人的实际病因考虑采取外科手术、药物治疗，以及物理治疗等方式进行联合治疗。