子宫内膜异位以后，确实可能会造成卵巢巧克力囊肿的发生。但是，卵巢囊肿并不一定是子宫内膜异位症造成，有可能是卵巢分泌的雌孕激素刺激造成，也有可能是因为慢性的盆腔炎症造成。而且有一些女性的卵巢囊肿，可能是由于排卵以后而形成的生理性黄体囊肿，并不是由于子宫内膜异位症造成。只是对于表现出卵巢囊肿后，有进行性加重痛经表现，甚至影响女性生育功能，这时就要考虑可能是表现出子宫内膜异位症而产生的卵巢巧克力囊肿。