肛门使用的退烧药是经过直肠黏膜吸收来起到退烧作用，此药物会有一些副作用，例如吲哚美辛栓就是比较常用的一种肛门退热药，有可能会造成过敏反应，例如皮肤瘙痒、皮肤荨麻疹甚至血管神经性水肿等等。此外还有可能造成神经系统的反应，包括头晕、头痛、焦虑、失眠等表现。对于造血系统可能也会产生白细胞、血小板、红细胞生成减少的副作用。正常肛门退烧药发生胃肠道副作用的风险，要比口服退烧药要略少一些，但是吲哚美辛栓这种肛门使用的退烧药，也属于非甾体类的抗炎药，要注意如果有对非甾体类药过敏的病人尽量不要使用，而如果本身有消化性溃疡出血的病人，也尽量不要使用此药物。