肠病性关节炎在管理的时候要考虑到用于治疗肠病性关节炎的药物，对病人炎性肠病潜在作用以及用于治疗炎性肠病对病人关节的影响，要有可能尽量使用对两种表现都有效的药物，防止应用多种不必要的药物。要建议所有病人患有脊柱炎或外周关节的病人都应当戒烟，适当运动，也可以使用非甾体抗药缓解症状。非甾体抗炎药也有可能会增加一些病人的炎性肠病，如果仅累及少量的可表现出关节，关节内注射糖皮质激素可以用于外周关节炎，经过放射引导进行骶髂糖皮质激素注射，有助于骶髂关节疾病的治疗。肌腱周围糖皮质激素注射可能对肌腱炎有关系，当运动和非甾体抗药的治疗不足以控制症状或是比较重的时候，对于外周关节炎的病人可以用传统的合成的改善风湿病的药物。