药物治疗包括抑制胃酸分泌治疗以及根除幽门螺旋杆菌治疗，或者是联合使用胃粘膜保护剂。在抑制胃酸治疗的药物选择当中，可以选择奥美拉唑等质子泵抑制剂和西米替丁等H2受体的拮抗剂。质子泵抑制剂的治疗疗程正常在六到八周，H2受体拮抗剂的疗程要大于八周。根除幽门螺旋杆菌治疗也很关键，根除幽门螺旋杆菌治疗一般是建议四联用药，两种抗菌药物联合枸橼酸铋钾联合一种质子泵抑制剂，疗程在十四天左右，还可以联合使用一些胃粘膜保护剂，可以提高胃溃疡的愈合质量，针对应激性溃疡的病人需要积极的治疗原发病。