小儿肠炎的病因可以分为感染性的和非感染性的原因。感染性的原因是因为肠道感染了细菌、真菌或者是寄生虫造成的，病毒性肠炎是比较多见的。非感染性因素可以分为饮食因素以及气候因素。饮食因素比如喂养不当，可以造成小儿肠炎，大多是人工喂养的孩子，若是喂养不定时，饮食量不当，突然改变饮食的品种或者过早的喂大量的淀粉类或者脂肪类的食物可以造成小儿肠炎。如果母乳喂养过早添加辅食，果汁、特别是含高的果糖或者是山梨醇类的果汁也可以产生高渗性的腹泻。