肛门上面疼痛的原因有很多，比较多见的有以下几种：一、如果病人长时间的大便干结，排大便困难，容易造成肛管皮肤裂伤，形成肛裂。一旦形成肛裂，表现为肛门周围疼痛，尤其是肛门内括约肌痉挛收缩还会产生周期性的疼痛。二、如果病人长时间的腹泻，容易造成肛腺感染形成肛周脓肿，脓肿沿着肛管及直肠向周围蔓延，有时表现为肛门周围疼痛，触摸有质硬的包块，行肛周彩超可以明确诊断。三、如果病人受外力击打或者蹲坐也会造成肛门疼痛，如果有异物侵入肛门，还可以见到创口裂伤，也会造成疼痛。