造成肛门瘙痒伴疼痛的原因有很多，多见的有以下几种：一，如果病人既往有不洁性交史，肛周皮肤和肛管表现出尖锐湿疣，局部表现出凹凸不平的肿物，表面呈菜花状，有时溃烂化脓，会造成局部瘙痒，有时还会有恶臭味，混浊浆液，触之伴疼痛。二，如果病人存在肛周湿疹，粪便或者黏液流至肛周皮肤，容易造成局部刺激感染，有时会造成放射状的皲裂，造成肛门周围瘙痒伴疼痛。三，如果病人存在肛裂排大便时，由于肛门括约肌痉挛收缩，还会造成剧烈的疼痛，有时粪便刺激创面造成瘙痒。