一般来说造成儿童阴茎疼痛的原因，主要包括以下几个方面。首先是由于尿道炎造成的症状，在儿童发生尿道炎以后就会造成尿道口的疼痛，往往尿道口也是比较红的，这也就是所说的炎症，需要及时的应用头孢菌素来抗感染治疗。其次是由于儿童患有包茎造成的情况，患有包茎以后也会造成阴茎的疼痛。这个时候可以查体明确判断儿童有包皮的过长，如果包茎过于长并且发炎症状非常重，要及时的进行手术处理。