四联疗法治疗幽门螺旋杆菌常副作用的表现因人而异，大多数的病人表现较为轻微，可能会表现出口苦，食欲不振，腹胀，腹泻等等，有部分的病人可能会表现出反应较为强烈，例如表现出恶心，呕吐，腹部的绞痛等等。还有可能会表现出过敏反应，表现出皮疹，瘙痒，皮炎等等，部分的病人还可能会表现出肝脏的损害，表现为转氨酶胆红素升高等等，副作用明显的病人正常需要减量或者更换其他的药物进行治疗。