胎儿脑积水的原因主要是基因突变所导致的。若是怀孕期间，孕妇所处的环境受辐射比较强，或者经常接触了化学性的物质，导致胎儿基因突变，发生脑部发育不良，导致了脑积水。还有因为怀孕期间母体有病毒和病菌感染，间接传给胎儿，影响大脑发育，因此导致脑积水，胎儿的神经管畸形也是会导致脑积水的。