流行性乙型脑炎的预后，和其类型有关系。影响流行性乙型脑炎预后的因素，主要决定于感染病毒的毒力的强弱、数量，以及病人当时机体的状态，和病人的这些因素，如血脑屏障、机体对疾病和病毒的清除能力的强弱都有关系。在乙脑病人的四种类型当中，一般轻型和普通型的预后是非常好的。但是重型和爆发型的死亡率还是比较高的。日常要注意饮食和营养，供应足够水份，高热、昏迷、惊厥病人易失水，故宜补足量液体，高温病人可采用物理降温或药物降温，惊厥的处理可使用镇静止痉剂。