明确的卵巢囊肿最好积极手术，尤其大于五公分的卵巢囊肿要积极手术。如果卵巢实性的或囊实性的肿瘤，就算不到五公分也主张积极的手术治疗，药物治疗仅限于卵巢瘤样病变，比如卵巢黄素囊肿或卵巢瘤样病变，这些可考虑经过口服避孕药或是单纯的观察治疗，两个月后可能会自动消失。若是卵巢瘤样病变可考虑单纯的观察或服用避孕药几个月可消失，真正的卵巢囊肿口服药物是几乎无效，因此不建议病人有卵巢囊肿的经过吃药的方法处理。