大部分的宫颈囊肿和宫颈糜烂均属于子宫颈的生理性变化。宫颈囊肿主要是子宫颈转化区内鳞状上皮取代柱状上皮过程中，新生的鳞状上皮覆盖子宫颈腺管口或伸入腺管，将腺管口阻塞，造成腺体分泌物引流受阻，潴留形成囊肿。宫颈糜烂是宫颈管内柱状上皮异位到子宫颈阴道部造成的细颗粒状的红色区域。