在大部分情况下，紧急避孕药的伤害要小于药物流产的伤害。因为紧急避孕药只是起到一个避孕的效果，不会对病人的内分泌或者是身体造成太大的创伤。药物流产需要杀死胚胎的活性，因此药物流产时使用的激素用量是非常高的，而且使用的时间很长，对病人整体的损伤是比较大的。药物流产过程当中有可能会存在着失败，如果药物流产失败，病人还需要清宫，这样会有二次的伤害，因此总体来说，药物流产的伤害更大一些。但是紧急避孕药还有可能会造成女性表现出宫外孕，因为紧急避孕药容易扰乱女性输卵管的蠕动和纤毛的摆动，如果病人意外怀孕，受精卵很有可能会在输卵管里，因此大大增加了宫外孕的几率。如果发生了宫外孕那么紧急避孕药对病人造成的创伤要大于药物流产。