阴茎根部疼的原因如下：1*如果男性在性生活时或者手淫时动作过大，有可能会造成阴茎根部表现出损伤，就会造成阴茎根部疼痛的症状，表现出此种情况后，应及时就医治疗，防止造成严重后果。2*如果男性患有前列腺炎疾病，阴茎部位可能会受到神经性的刺激，就可造成阴茎根部疼痛，在久坐后，疼痛的症状比较明显，在卧床休息后可逐渐缓解，应针对前列腺炎疾病进行有效的治疗。3*如果患有生殖器疱疹疾病，并且出目前阴茎根部，就可造成疼痛、发痒等表现。