肺炎支原体感染人体后，经过2~3周的潜伏期，继而表现出临床表现，约1/3的病例也可无症状。起病缓慢，发病初期有咽痛、头痛、发热等表现。发热一般为中等热度，2~3天后表现出明显的呼吸道症状，突出表现为阵发性刺激性干咳，也可有呼吸困难、胸痛。发热可持续2~3周，体温正常后仍可遗有咳嗽。除呼吸系统的表现外，肺炎支原体感染可造成多系统、多器官损害。皮肤损害可表现为斑丘疹、结节性红斑、水疱疹等。胃肠道系统可见呕吐、腹泻和肝功损害。血液系统损害较多见溶血性贫血。中枢神经系统损害可见多发性神经根炎、脑膜脑炎及小脑损伤等。心血管系统病变偶有心肌炎及心包炎。