怀孕40天可以选择药物流产，但在药流前要进行相关的检查，并且要确定有无药流的禁忌，并在医生的指导下进行，千万不能够私自药流，避免发生严重的后果。此外，药物流产后容易表现出组织在宫内残留，如果不清除会造成反复的阴道流血，容易发生感染，继而表现出各种的妇科炎症。因此，在药物流产后如果有出血较长或者其他异常情况，要及时去医院进行检查。除了药物流产外，女性还可以选择人工流产手术，其手术过程时间一般较短，也能够更好的清除宫内的残留组织。但不管是选择哪种方式，对女性的身体都是有一定的伤害的，因此建议同房时做好避孕措施。