牙齿根部疼痛有以下原因：一、长时间口腔卫生不良，导致牙龈炎、牙周炎，使牙龈退缩，牙本质暴露，导致牙颈部的疼痛；二、刷牙的方式不当导致楔状缺损。平时注意不要横刷牙，采用巴氏刷牙法或者是竖刷牙法。如果只是酸痛可以做脱敏治疗，用舒适达抗过敏牙膏刷牙，饭后可以用淡盐水漱口，如果没有得到改善，需要去口腔科就诊。以上健康科普知识仅供参考，具体情况需到正规医院检查，由专业医师进行判断。