大多数儿童中耳炎的病因，都在于咽鼓管功能障碍，咽鼓管一端开口于鼻腔后方鼻咽部的侧面，另一开口位于中耳腔。一般情况下，咽鼓管的开放维持中耳炎的正常压力，同时咽鼓管的纤毛运动将中耳腔的液体和细菌排出中耳腔。当鼻咽鼻腔部病变时，咽鼓管口受压，失去正常生理功能，造成各性中耳炎。儿童咽鼓管较成人短、平，咽鼓管肌肉收缩无力，软骨弹性较差，咽鼓管软骨段管壁容易塌陷，所以发病率较成人为高，腭裂患儿更容易患中耳炎。同时，儿童多见感冒后造成急性中耳炎，长时间鼻炎、鼻窦炎以及腺样体肥大，也是急性中耳炎的好发原因。