头皮毛囊炎是否会自愈和具体情况有关，不可以一概而论。毛囊炎是由于毛囊皮脂腺感染了多种病原微生物所造成的炎症，和头皮上皮脂腺分泌的皮脂较多、无法顺利进行新陈代谢以及不注意头部的清洁卫生有关。毛囊炎多见于皮肤油腻的青壮年或者免疫功能低下的人群。如果毛囊炎病人免疫功能是正常的，毛囊炎为单发且炎症并不严重，那么可以自愈。但如果病人免疫功能低下，会降低自身对微生物的杀灭作用，毛囊炎便难以自愈，需要配合使用控制炎症的药物。