甲亢药物治疗的副作用有：1、抑制白细胞。甲亢药物会降低和杀伤白细胞，表现出白细胞减少的情况，造成病人容易合并感染，造成高热。2、对肝脏造成影响，有些人会造成一些胆红素的改变。3、丙硫氧嘧啶有严重的肝毒性，容易引发中毒性肝坏死。4、造成皮肤的改变，如皮疹等过敏性反应。5、造成血管炎，这种情况在临床上比较少见。