当子宫内膜腺体及间质侵入子宫肌层时称子宫腺肌症。子宫腺肌症会表现出继发性的进行性加重的痛经，在来月经时会表现出肚子疼。大多数女性痛经，肚子疼痛的时间为月经前2到3天到月经后的3天左右，大约一周的时间是最疼的。但也有个别的女性在月经后仍然会表现出下腹疼的症状，这种痛经多见于深部的子宫内膜异位症，可能有内源性的病灶。有的内源病灶，侵蚀到肠壁，甚至腹膜，病灶可能侵蚀到腹膜的神经，导致月经后仍然会有一些疼痛，相对临床会更少见。子宫腺肌病的病人疼痛往往会越来越严重，需要用药物治疗，甚至严重时对无生育要求的病人需要切除子宫来治疗。