真菌性肠炎存在复发的可能性，尤其是真菌性肠炎导致肠道菌群失调以后，治疗不彻底就有可能会导致复发。真菌性肠炎多是由于长期使用广谱抗生素、激素类药物、抗肿瘤药物等原因导致的真菌感染后，肠道黏膜炎症性病变，还会对肠道内的菌群导致影响。患有真菌性肠炎后需要先针对原发病和诱因进行治疗，然后针对病原菌进行抗真菌治疗。部分病人可能会存在肠穿孔、真菌性毒血症等并发症，经过药物治疗无效可以考虑手术。真菌性肠炎病程比较长，经过治疗后可以缓解症状，但诱因存在很容易复发。