新生儿消化不良有很多临床症状，是由于进食的量不当、过量，或者是肠道消化功能不好所造成的，主要表现为食欲不正，拒奶、呕吐、呕吐物为陈旧性的奶块伴随酸臭味。除此之外，还有腹胀、腹痛、睡眠不安，晚间谛哭不止，部分孩子还会表现出腹泻。若是由脂肪消化不良，可以看到大便周围会有一层淡淡的油一样的东西。若是碳水化合物消化不良，往往会看见有大量的黄色的稀水样便，并且伴随酸臭味。若是蛋白质消化不良，可以看到有奶瓣的发生。