肛瘘手术后一般会疼痛7-10天。肛瘘手术后随着创面肉芽组织生长，粪便刺激手术后的创面会造成疼痛。尤其是术后5-7天，创面处于脱痂期，如果病人排大便干结，有时会造成疼痛加重，换药时也会造成创面疼痛。一般手术后10天左右创面逐渐愈合，一般不会疼痛。因此肛瘘手术后病人应该注意饮食调理，保持排大便通畅，避免表现出大便干结，减轻粪便对肛瘘手术后创面的刺激，避免表现出疼痛等表现。还应该保持局部清洁，经常用中药坐浴或熏洗，常用的药物有五倍子汤或止痛如神汤。以上方案仅供参考，具体药品使用请结合自身情况在专业医生指导下用药。