大多数卵巢生理性囊肿无明显症状，如果囊肿较大，部分病人可有腹痛、腹胀等表现。生理性囊肿主要包括卵泡或黄体囊肿，卵泡囊肿最多见，超声下可见单纯性半透明的薄壁囊肿位于卵巢皮质。黄体囊肿比卵泡囊肿少见，超声为复杂性表现，多表现出于月经中期，囊肿破裂出血可造成类似急腹症的急性盆腔疼痛。临床上常经过盆腔超声检查来诊断、发现，如果考虑良恶性可经过CT或磁共振来进一步评估，或者抽血查肿瘤标志物如癌抗原CA125、CA199、甲胎蛋白（AFP）、HCG、人附睾蛋白（HE4）等。卵巢生理性囊肿大多数不需要任何处理，只有考虑或者认为卵巢囊肿蒂扭转或破裂时需急诊处理。