小肠炎的症状主要是腹痛、腹泻。腹痛多在脐周，疼痛性质多数为绞痛，也可以表现为中上腹阵发性绞痛。腹痛发生后很快会表现出腹泻，粪便初为糊状而带粪质，其后逐渐为黄色水样，继之成白色水状便，或者是呈赤豆汤样或果酱样，甚至可以表现出鲜血便或暗红色血块，可以伴有恶心、呕吐、发热等表现，可表现出脐周或上腹部的明显压痛，有些病人甚至可以见到肠型。早期肠鸣音可亢进，后逐渐病情加重，会表现出肠鸣音的减弱或消失，严重的可能会表现出感染性休克等表现。