任何致病菌都可以造成尿路感染，但绝大部分为革兰阴性杆菌感染，如大肠杆菌、副大肠杆菌、变形杆菌、产气杆菌、厌氧杆菌、绿脓杆菌，其中以大肠杆菌最为多见，占60%到70%。球菌造成者较少见，主要为葡萄球菌及粪便球菌，造成尿路感染的主要途径上行性感染，致病菌从尿道上行进入膀胱，造成膀胱炎，然后再由输尿管儿蔓延至肾脏，造成肾盂肾炎，这是尿路感染最多见途径。血液性感染，致病菌从肾外任何部位的感染，经血液播散至肾脏而造成尿路感染，如骨髓炎、败血症。并发性的肾盂肾炎，血源性的肾盂肾炎较少见，其致病菌主要为金葡萄菌，造成尿路感染的主要途径淋巴腺感染。当结肠病变时，结肠细菌可经淋巴管播散至肾脏，因结肠和右肾之间有淋巴管相连。